Ainda que tradicionalmente o Japão seja dividido em oito regiões, administrativamente o país é formado por 47 prefeituras, cada uma com um governador, um legislativo e uma burocracia administrativa.[105] A antiga cidade de Tóquio foi dividia em 23 bairros especiais, cada um com os mesmos poderes de uma cidade.[106] No momento o país passa por uma reestruturação administrativa que unirá entre si a maioria das cidades e povoados. Este processo reduzirá o número de regiões administrativas e de subprefeituras e espera-se que corte gastos.[107]
O Japão tem mais de dez grandes cidades que cumprem um papel importante em sua cultura, patrimônio e economia. As dez mais populosas são também capitais de províncias e foram transformadas em cidades por mandato governamental devido à sua importância. Abaixo, as oito regiões japonesas:
Hokkaidō 1. Hokkaidō | Tōhoku 2. Aomori 3. Iwate 4. Miyagi 5. Akita 6. Yamagata 7. Fukushima | Kantō 8. Ibaraki 9. Tochigi 10. Gunma 11. Saitama 12. Chiba 13. Tóquio 14. Kanagawa | Chūbu 15. Niigata 16. Toyama 17. Ishikawa 18. Fukui 19. Yamanashi 20. Nagano 21. Gifu 22. Shizuoka 23. Aichi |
Kansai 24. Mie 25. Shiga 26. Kyoto 27. Osaka 28. Hyōgo 29. Nara 30. Wakayama | Chūgoku 31. Tottori 32. Shimane 33. Okayama 34. Hiroshima 35. Yamaguchi | Shikoku 36. Tokushima 37. Kagawa 38. Ehime 39. Kōchi | Kyūshū e Okinawa 40. Fukuoka 41. Saga 42. Nagasaki 43. Kumamoto 44. Ōita 45. Miyazaki 46. Kagoshima 47. Okinawa |